Dopo l'attentato subito a febbraio da parte di alcuni esponenti del movimento resistenziale etiope, il generale Graziani cominciò a dar credito a voci e sospetti privi di alcun fondamento secondo i quali gli attentatori avrebbero trovato ospitalità tra il clero copto di Debrà Libanos. Senza curarsi di effettuare indagini approfondite, l'allora viceré d'Etiopia diede incarico al generale Pietro Maletti, comandante della 2ª Brigata indigeni dell'Eritrea, di marciare sul santuario.
Giunto sul luogo, il generale Maletti diede subito seguito alle prime direttive giunte da Graziani: gli ascari libici e somali ai suoi ordini massacrarono radunarono fuori dal villaggio centinaia di monaci e diversi laici residenti nel monastero per poi massacrarli a colpi di mitragliatrice. L'arrivo da Addis Abeba di un secondo telegramma in cui si ordinava di non risparmiare nessuno determinò la morte di moltissimi altri monaci, preti, diaconi, pellegrini e studenti di teologia, gettati in fosse comuni precedentemente scavate nella campagna circostante.
Secondo le cifre ufficiali, le vittime del massacro di Debrà Libanos furono 449, mentre secondo i più recenti studi dello storico inglese Ian L. Campbell e del suo collega etiope Degife Gabre-Tsadik il numero sarebbe molto superiore e si attesterebbe tra i 1400 e i 2000 uomini.
