Il 13 settembre, dopo che il giorno precedente alcuni artiglieri di una batteria costiera erano stati presi prigionieri dai tedeschi, che già stavano tentando uno sbarco nella zona di Argostoli, si avvia una consultazione tra tutti i soldati e gli ufficiali della "Acqui", i quali scelgono a maggioranza di non arrendersi. Sebbene sussistano alcuni dubbi sulla reale storicità di questa votazione, il giorno stesso arriva dai comandi italiani l'ordine di combattere.
La battaglia inizia il 15 settembre e durerà per un'intera settimana, sino al successivo 22 settembre: nonostante la schiacciante superiorità numerica, la ritirata dei reparti italiani dallo strategico promontorio di Kardakata verso l'interno dell'isola favorirà le truppe tedesche della 104. Jäger-Division, cui si uniranno i reparti da montagna della 1. Gebirgs-Division, al comando del generale Lanz. Le truppe tedesche hanno ricevuto direttamente da Hitler l'ordine di non fare prigionieri: i soldati italiani che si arrendono vengono fucilati sul posto.
Il 23 settembre, all'indomani della resa, iniziano le fucilazioni di massa: il generale Gandin, dopo un processo sommario, è ucciso il 24 settembre assieme ai suoi ufficiali nel cortile della famigerata Casetta Rossa, presso Capo San Teodoro, mentre anche nella vicina Corfù i soldati italiani cadono vittime dei plotoni di esecuzione tedeschi. I soldati superstiti, imbarcati su navi appena in grado di galleggiare e cariche sino all'inverosimile, annegheranno in gran parte a seguito del loro affondamento; i restanti 6500 verranno trasportati nei campi di detenzione in Germania, da dove in molti non faranno ritorno.